Nike Wagner wuchs als drittes Kind von Wieland Wagner und seiner Frau, der Tänzerin und Choreografin Gertrud Wagner, geb. Reissiger (1916–1998), ab 1946 in Richard Wagners Haus Wahnfried in Bayreuth auf. Sie ist eine Enkelin von Siegfried Wagner, Urenkelin von Richard Wagner und Ur-Urenkelin von Franz Liszt.
Seit 1975 ist Nike Wagner freischaffende Autorin; sie wirkte an zahlreichen Symposien und Kolloquien über Musik und Literatur im In- und Ausland mit.
Von 1984 bis 1986 war sie Fellow am Wissenschaftskolleg zu Berlin. 2001 wurde ihr das Amt der Kultursenatorin in Hamburg angeboten. Da ihre Forderungen nach einer Erhöhung des Kulturetats der Hansestadt kein Gehör fanden, sagte sie ab.